Ege Bölgesi'nin arkeolojik önemi göz önüne alınarak 27 Kasım 1962 tarihinde Ege Üniversitesi bünyesi içinde bir Arkeoloji Enstitüsü kurulmuş ve enstitü 18 Mart 1964 tarihinde faaliyete geçmiştir. Enstitü ilk aşamada kendi adına araştırma projesi yürütmemiş olmakla birlikte Ankara ve İstanbul üniversitelerinin arkeolojik çalışmalarına, Teos, Pitane, Bayraklı ve Bodrum gibi Ege Bölgesi’nde yer alan kazılara, personel sağlamış ve finansal açıdan desteklemiştir. Günümüzde Ege Üniversitesi Merkez Kütüphanesinde bulunan arkeoloji kitaplığının nüvesi de bu dönemde enstitü kitaplığı kurularak oluşturulmuştur. "X. Uluslararası Klasik Arkeoloji Kongresi"nin 1973 yılında İzmir'de düzenlemesinde de Arkeoloji Enstitüsünün çabaları rol oynamıştır. Enstitünün ilk başkanı Prof. Dr. Celal Saraç’tır. 1976 yılında daha sonra "Edebiyat Fakültesi" adını alacak olan "Sosyal Bilimler Fakültesi"nin kurulması ile Arkeoloji Enstitüsü bu fakülteye bağlanmış ve başkanlığına Prof. Dr. Mükerrem Usman Anabolu getirilmiştir. Aynı tarihte fakülte bünyesinde, yine Prof. Dr. Mükerrem Usman Anabolu başkanlığında Tarih-Coğrafya ve Arkeoloji Bölümü kurulmuştur. 07.05.1979 tarihinde Edebiyat Fakültesi'nin akademik örgütlenmesine tekrar biçim verilmiş ve "Arkeoloji Bölümü"  bağımsız bir bölüm haline getirilmiştir. 1994 yılında Arkeoloji Bölümü, Klasik Arkeoloji ile Protohistorya ve Önasya Arkeolojisi olmak üzere iki ayrı anabilim dalına ayrılmıştır. Prof. Dr. Tomris Bakır Arkeoloji Bölümü ve Klasik Arkeoloji Anabilim Dalı başkanlığını, Prof. Dr. Altan Çilingiroğlu ise Protohistorya ve Önasya Arkeolojisi Anabilim Dalı başkanlığını üstlenmiştir.

Programın amacı antik dönem kültür ve uygarlıklarını inceleyerek bu konuda hem teorik hem de öğretim üyelerimizce çeşitli bölgelerde yürütülen kazı, araştırma ve proje çalışmaları vasıtasıyla pratik deneyim kazandırmaktır. Ayrıca arkeolojide kullanılan çağdaş yöntem ve teknolojileri takip edebilen, bilimsel araştırma yapabilen, analitik ve eleştirel düşünme becerilerine sahip arkeolog, araştırmacı ve akademisyen yetiştirmektir.

Arkeoloji Bölümünün eğitim dili Türkçedir.

Günümüzde Arkeoloji Bölümü, Klasik Arkeoloji ile Protohistorya ve Önasya Arkeolojisi Anabilim Dallarında mezun vermekte olup Edebiyat Fakültesi'nde bir akademik yıl, 15 hafta süren iki dönemden oluşmaktadır. Arkeoloji Bölümü lisans programı 4 yılda (8 dönemde) tamamlanır. Arkeoloji bölümünden mezun olmak için öğrenciler 8 dönem boyunca verilen tüm dersleri başarıyla tamamlayarak lisans derecesine sahip olurlar ve Arkeolog unvanı almaya hak kazanırlar. Öğrenciler derslere ve sınavlara katılmak zorundadır. Derslerin %70'ine katılmanın zorunlu olduğu bölümde öğrenciler yazılı sınav, seminer, proje ve sunumlarla değerlendirilir. İsteyen öğrenciler lisans bitirme tezi alma hakkına sahiptir. Her yarıyılda bir ara, bir final sınavı yapılır. Ara sınav ve final tarihleri bölüm tarafından ilan edilir. Mazeret nedeniyle sınava giremeyen öğrencilere geçerli bir mazeret olması halinde Fakülte Yönetim Kurulu kararıyla mazeret sınav hakkı verilebilir. Lisans eğitimleri sırasında öğrenciler, arazi çalışmalarına ve bölüm tarafından yürütülen kazılara katılabilmekte, derslerde öğrendiklerini arazi çalışmalarıyla pekiştirebilmektedirler. Lisans, Yüksek Lisans ve Doktora eğitimlerinin yapıldığı Arkeoloji Bölümü’nde 12 Profesör, 4 Doçent, 1 Doktor Öğretim Üyesi, 1 Öğretim Görevlisi Doktor ve 5 Araştırma Görevlisi görev yapmaktadır.